Le parcours de Shirow diffère du parcours classique des mangaka au Japon. Auteur à part entière, il a su créer un univers de génie dans le domaine de la science-fiction, et plus particulièrement de l'anticipation.
Dans ses œuvres, Shirow se pose avant tout la question du devenir de l'humanité. On y retrouve deux figures clé : l'homme et la machine. Tour à tour opposées et jumelles, ces deux figures posent une question essentielle : la machine est-elle l'avenir de l'homme ? Ainsi, il aborde l'idée que l'homme pourrait être une étape de l'évolution (les bioroïds dans Appleseed) et l'avenir de la race humaine un mélange entre organique et informatique (Kusanagi et son ghost).