Grâce à l’ingéniosité et à la dextérité des chimpanzés, l’avion de la compagnie «Air Penguin», très endommagé, a été remis en état de marche et a permis aux primates et aux pingouins de faire un petit tour à Monte-Carlo, où ils comptent bien passer quelques vacances et tenter leur chance au Casino. Quand
Madagascar 3 commence, on comprend qu’ils ont sans doute un peu abusé des bonnes choses… Lassés de les attendre, nos héros du zoo de New-York quittent l’Afrique et traversent la Méditerranée pour la Première Phase de l’Opération «Extraction Pingouin». Leur plan est simple : mettre le cap sur le Casino, embarquer les pingouins et, comme le dit si bien Alex, «les obliger à nous ramener à New York dans le super avion qui carbure à nouveau grâce aux singes !» Mais ce n’est pas aussi simple qu’il y paraît…