Dans la Ruche, un immense laboratoire souterrain, ont lieu des recherches ultras secrètes, supervisées par des scientifiques. Lorsque l'alarme se met à retentir, tout le monde croit à une simulation d'évacuation. Mais bientôt, l'horreur les rattrape.
Un virus mortel se propage dans les couloirs de la Ruche : en quelques minutes, il met fin à toute vie humaine. On ne compte aucun rescapé.
Au même moment, Alice (
Milla Jovovich) se réveille dans un somptueux manoir. Elle n'a aucune idée de comment elle a pu atterrir là, mais aimerait bien le savoir. Personne ne semble habiter dans cette demeure. Alice tombe finalement sur Matt (
Eric Mabius), un policier qui ne sait pas plus qu'elle ce qui se passe dans les alentours.
Avant même qu'ils n'aient pu trouver une explication logique à ces phénomènes étranges, un groupe d'intervention militaire, formé de douze membres, débarque de nulle part et les oblige à les suivre. Ces derniers ont reçu l'ordre d'infiltrer la Ruche et de neutraliser la Reine Rouge, le superordinateur devenu fou.
Par ailleurs, le temps presse : si le virus n'est pas isolé dans les trois heures qui suivent, il pourrait bien annihiler toute vie sur Terre. Mais à ce moment-là, ils sont loin de s'imaginer qu'une fois franchie l'entrée du laboratoire ils se retrouveront encerclés par des hordes de zombies et de créatures, engendrés par la propagation du virus.
