A Malaria, pays plongé dans la pluie et l’obscurité, les inventons Maléfiques assurent la prospérité, sous le règne autoritaire du roi Malbert.
Les inventeurs de ces Créations Maléfiques sont les Savants Fous, classe dominante du pays. Ils sont aidés de leurs assistants, les Igors, de malheureux bossus dont le destin est d’obéir.
Même s'il semble épanoui au sein de sa famille d'adoption, Stitch n'a pas le cœur à la fête. Chaque nuit, il fait de terribles cauchemars le révélant sous ses plus mauvais instincts. Lilo a beau lui montrer qu'il n'en est rien en lui faisant accomplir toutes sortes d'exploits, le petit extra-terrestre sent bien que son corps se transforme.