Trois jeunes israéliens, Noam, disquaire, Yali, gérant de café, et Lulu, vendeuse dans une boutique de produits de beauté, partagent un appartement dans un quartier branché de Tel-Aviv, symbole de cette « bulle », surnom donné à la ville.
Dans ce cocon quasi déconnecté de la réalité des territoires et des conflits politiques qui agitent le pays, ils mènent une existence tout à fait ordinaire, préférant se concentrer sur leur vie amoureuse.
Leur quotidien va pourtant être bouleversé par l'arrivée d'Ashraf, un Palestinien dont Noam tombe amoureux lors d’un incident au Check Point de Naplouse.
Eyal est un agent du Mossad, les services secrets israéliens. Sa nouvelle mission est de retrouver la trace d’un ancien officier nazi, Alfred Himmelman. Pour mener son enquête, Eyal va servir de guide touristique au petit-fils d’Himmelman, Axel, venu en Israël rendre visite à sa sœur. Celle-ci vit en effet dans un kibboutz depuis qu’elle s’est brouillée avec sa famille.
Basé sur une histoire vraie, "Yossi et Jagger" dépeint la liaison amoureuse de deux officiers israéliens dans une base militaire à la frontière Israélo-Libanaise. Ils sont soldats, ils sont amoureux l’un de l’autre, et ils essayent de trouver leur propre place dans un système opprimant et rigide, qui les envoie pour défendre une cause dans laquelle ils ne croient pas nécessairement.
"Yossi et Jagger" dépeint la vie de jeunes Israéliens aujourd'hui.