Coraline Jones est une fillette intrépide et douée d’une curiosité sans limites. Ses parents, qui ont tout juste emménagé avec elle dans une étrange maison, n’ont guère de temps à lui consacrer. Pour tromper son ennui, Coraline décide donc de jouer les exploratrices. Ouvrant une porte condamnée, elle pénètre dans un appartement identique au sien...
Légendaire explorateur des fonds marins, Steve Zissou est aussi connu pour son caractère excentrique que pour ses fabuleux documentaires. Mais Steve traverse une mauvaise passe. Son plu fidèle coéquipier, Esteban, s'est fait dévorer par un requin jaguar, et la rumeur selon laquelle il n'est plus à la hauteur va bon train.
Stu Miley, dessinateur à succès, plonge dans un profond coma à la suite d'un accident de voiture. Déboussolé, il se réveille dans un monde parallèle, farfelu et totalement déjanté, où il rencontre des créatures plus étranges les unes que les autres. Stu retrouve même le personnage qu'il a créé, Monkey Bone, un petit singe rusé, capricieux et insolent.
Orphelin, James est recueilli par ses tantes, Eponge et Piquette, deux abominables mégères qui le réduisent en esclavage. Un soir, un mystérieux personnage lui offre un sac dont le contenu est censé résoudre tous ses problèmes. Mais en rentrant chez lui, James trébuche et répand au pied d’un pêcher son précieux paquet.
La ville d’Halloween est peuplée de gens étranges dont le plus grand plaisir est de se livrer à des farces du plus mauvais goût. Le grand ordonnateur de ces rites cassants est " le Roi des citrouilles ", Jack Skelington, qui effectue ce métier depuis déjà plusieurs années. Mais aujourd’hui, Jack se lasse de tout ceci, et aspire à de nouvelles expériences.