Une catastrophe d’une ampleur sans précédent s’est abattue sur notre planète, causant la mort de la moitié de la population et laissant le monde meurtri à tout jamais. Après cet évènement terrible que l’histoire retiendra sous le nom de « Second Impact », les survivants reprennent peu à peu leur vie quotidienne.
Une mystérieuse organisation du nom de Panther Claw enlève des jeunes filles à travers tout le Japon, afin de puiser leur énergie et rendre jeunesse et beauté à son chef, Sister Jill. La police se montre impuissante et seule une étrange jeune fille semble à même de pouvoir les arrêter: Cutie Honey ! Grâce à l’invention de son père, l’I-System, elle peut se transformer en qui elle veut. Tour à tour employée de bureau, pilote de moto, musicienne de rue ou officier de police, elle s’ingénie à déjouer les plans de Panther Claw.
2000. Après qu’un cataclysme sans précédent, baptisé le Second Impact, se soit abattu sur la Terre, les trois quarts de l’humanité ont disparu. Quinze ans plus tard, le Japon commence à renaître de ses cendres grâce à une soudaine reprise de l’économie.
Mais, régulièrement, ce nouveau monde subit les assauts inexplicablement destructeurs de monstres appelés Anges.
