Daigo, un violoncelliste, retourne dans son village natal afin de chercher un nouvel emploi après la dissolution de son orchestre. Il est engagé dans une entreprise de pompes funèbres mais n’arrive pas à l’avouer à sa femme car il a honte. Ce travail, que personne ne veut faire et que Daigo lui-même n’aurait jamais pensé faire, va transformer aussi bien les morts que leurs proches encore en vie…
Le petit Sosuke, cinq ans, habite un village construit au sommet d’une falaise qui surplombe la Mer Intérieure. Un beau matin, alors qu’il joue sur la plage en contrebas, il découvre une petite fille poisson rouge nommée Ponyo, piégée dans un pot de confiture. Sosuke la sauve, et décide de la garder avec lui dans un seau.
Kitano interprète le réalisateur “Takeshi Kitano”, qui s’est juré de ne plus tourner de films violents mais aussi de parvenir à réaliser un hit au box office. Il va s’essayer à différents genres, un drame à la Ozu, une romance, un récit historique en pleine ère Showa, un film d’horreur, un film de ninjas et un film de science-fiction.
C'est l'été, et Masao s'ennuie. L'enfant habite Tokyo avec sa grand-mère qui travaille toute la journée. Ses copains partent en vacances et le terrain de foot sur lequel il jouent habituellement est désert. Grâce à une amie de sa grand-mère, Masao rencontre Kikujiro, un yakusa d'une cinquentaine d'années avec lequel il va partir à la recherche de sa mère qu'il ne connaît pas...
