Takaki et Akari sont des élèves de primaire que leur amour de la lecture a rapprochés. Mais un jour, la jeune fille déménage… Les deux amis commencent alors à s’échanger des lettres… Takaki décide alors d’aller rendre visite une dernière fois à son amie, un soir d’hiver…
Après la 2nde Guerre Mondiale, le Japon se retrouve divisé et occupé par deux forces rivales. L'Hokkaido est annexé par l'Union, tandis que les autres ailes de l'archipel sont dirigées par des forces américaines.
Trois amis ont grandis dans la zone américaine, mais sont fascinés depuis toujours par une gigantesque et énigmatique tour érigée par l'Union.
Ils se sont fait une promesse : un jour ils construiront un avion lèveront le voile sur le mystère de cette tour, mais ce projet échoue lorsque l'un d'eux disparait...
