De 1940 à 1944, la SNCF a transporté 76’000 Juifs, 20’000 Tziganes et 38’000 résistants. À la demande de l’occupant, elle mit également à la disposition de celui-ci des wagons de troisième classe, afin de permettre aux soldats de la Wehrmacht d’envahir la zone libre au mois de novembre 1942.
Elle a aussi transporté les biens volés aux Juifs ainsi que le matériel lui aussi volé dans les usines Ugine–Khulman, Renault, Peugeot et divers biens appartenant au patrimoine.