Depuis la mort de son père, Yona vit seule avec sa mère. Elle passe son temps habillée d'un costume de pingouin, persuadée qu'elle pourra voler un jour comme son père le lui avait promis. Elle est bien sûr la risée des autres enfants du quartier, jusqu'au jour où elle fait la rencontre d'une étrange marionnette.
A Metropolis, chacun est à sa place. Dans cette immense cité du futur, les humains et les robots cohabitent dans un cadre strict. Le gigantesque gratte-ciel Ziggurat abrite les élites de la société, qui y mènent une existence dorée. Les pauvres et les robots, eux, sont condamnés à une vie souterraine qui s’est organisée au sein d’un vaste réseau dans les entrailles de la ville.
Alors que les soulèvements anti-robots se multiplient, le détective Shunsaku Ban et son assistant Kenichi partent à la recherche d’un scientifique rebelle, le docteur Laughton, afin de saisir sa dernière création.
A l'aube de l'ère Meiji, Jirô, un jeune garçon accusé de parricide, s'enfuit dans les montagnes. Tenkai, un moine bouddhiste vient à sa rencontre et décide de l'initier à l'art du combat. Il deviendra son protecteur.
Ninja accompli, Jirô découvre que son sabre détient un précieux secret qui pourrait le conduire à un trésor inestimable et très convoité...
Le train spatial "Galaxy Express 999" arrive a la fin de sa quête, aide par Albator a bord de son Atlantis et par Esmeraldas. Cet épisode achève une série longue de plus d'une centaine d'épisodes et met fin a la quête d'un jeune garçon qui souhaite atteindre l'immortalité en devenant un homme robot.
Au XXIe siècle, le professeur Balthus, désespéré par la mort de son jeune fils, a créé de toute pièce, dans le secret de son laboratoire, un petit robot à son image.
