L'histoire de Ong Bak 3 commence lorsque Tien perd ses aptitudes au combat en se faisant torturer et briser les os. Tien est ramené à la vie avec l’aide de Pim ainsi que Mein et des villageois de Khone Kana. Il est profondément meurtri, il se réfugie alors dans la méditation enseignée par Phra Bua, Tien est enfin en mesure de réaliser une « Nathayut » quand ses talents de combattant sont de nouveau mis à l’épreuve, lorsque ses ennemis, comprenant le Roi , les mystérieux tueurs en noir, et Bhuti Sangkha sont de retour pour une épreuve de force massive finale.
Thaïlande, XVème siècle. Prisonnier de marchands d'esclave qui comptent se débarrasser de lui en le livrant aux crocodiles, le jeune Tien est sauvé par le mystérieux Chernang, commandant des bandits de Garuda. Sous son aile, l'enfant va bientôt apprendre à maîtriser une multitude d'arts martiaux, les techniques guerrières et le maniement de nombreuses armes blanches.
Quand il était petit, Kham n'avait que son père et ses éléphants pour toute famille. Il considérait 'Por Yai', l'éléphant mâle, comme un père de substitution et 'Korn' l'éléphanteau comme son propre frère.
Kham apprit beaucoup de son père, et notamment, l'art du Jaturungkabart, pratiqué par ses ancêtres depuis des siècles, et passés maîtres dans le maniement des armes et du Muay Thai.
Le bouddha Ong-bak, trésor vénéré, est précieusement gardé dans le temple de Nong Pradu, en Thaïlande. Une nuit, un jeune voyou dérobe la tête de Ong-Bak et s’enfuit pour le vendre à Bangkok.
Ting, jeune orphelin élevé par le moine Pra Kru, décide de partir à la recherche de la statue.
Eduqué dans la foi du bouddha, il pratique l’art ancestral du Muay Thaï, art martial aussi appelé « les 9 armes du corps ».
A peine revenus sur la terre, victorieux du Mortal Kombat, les guerriers humains réunis par Rayden, dieu du Tonnerre et des Eclairs, déchantent: le ciel se déchire et de sombres créatures en descendent... La victoire au Mortal Kombat devait protéger l'humanité pour une génération. Shao-kahn, l'empereur d'Outremonde, n'aurait pas dû pouvoir envahir la terre à nouveau: il a donc triché! Il reste peu de temps aux guerriers de Rayden pour se préparer et empêcher la destruction finale...