En 1988, les deux "Parrains" ont rapporté plus de 700 millions de dollars de recettes, sans compter près de deux cents autres en droits télé et vidéo. Coppola a tout de suite fait savoir qu'il ne se sentait plus concerné. Les noms de Martin Scorcese, Costa Gavras (déjà contacté pour le premier), James Bridges, Sidney Lumet, Michael Cimino ou Michael Mann circulent.
C'est pourtant Coppola qui retrouve son bébé à Cinecittá le 27 novembre 1999, avec un budget de 47 millions de dollars en poche. Que s'est-il passé ?
Coppola est, certes, encore une nouvelle fois ruiné ("Tucker" a été un bide), mais ce sont les studios qui ont changé d'attitude en lui laissant carte blanche. Coppola veut faire un film sur la quête rédemptrice d'un homme. Et puis "Quand vous apprenez que votre ex-femme sort avec un autre homme, au début, cela ne vous fait rien. Ensuite, vous souffrez. Je n'arrivais pas à concevoir quelqu'un d'autre touchant aux Corleone." confie-t-il. Il décide donc de retrouver son complice
Mario Puzo et s'inspirant de la mort soudaine du pape Jean-Paul 1er et des scandales bancaires du Vatican (Banco Ambrozziano), Coppola cisèle une intrigue à la fois diabolique et désespérée pour son ami Pacino.
Quelques mois avant le tournage,
Francis Ford Coppola perd son fils Gio dans un accident de bateau. "Sa mort a été aussi pour moi une façon de toucher au désespoir le plus âpre. Je crois que le film en a été forcément affecté." déclare-t-il.
De nouveaux visages feront leur apparition :
Andy Garcia (le fils illégitime de Sonny Corleone) James Caan,
Bridget Fonda,
John Savage.