Aaron Johnson débute sa carrière de comédien à l'âge de 6 ans dans l'adaptation théâtral de Rufus Sewell,
Macbeth en 1999 ainsi que dans
All My Sons d'Arthur Miller l'année suivante. Il expérimente ensuite divers tournages pour la télévision dont le téléfilm
Feather Boy en 2004 pour la
BBC, ainsi que les mini-séries
Danny Brocklehurst,
Talk To Me et
Nearly Famous.
Côté cinéma,
Aaron Johnson décroche son premier rôle en 2002 dans
Tom & Thomas, divertissement mettant en scène deux enfants qui échangent de maison, de Esmé Lammers. L'année qui suit, le jeune comédien d'à peine 13 ans à l'époque rejoint le casting de
Shanghai Kid 2 sous les traits de Charlie Chaplin étant jeune. Trois ans plus tard, l'acteur incarne Edward Norton version jeune pour les besoins du film de Neil Burger,
L'Illusionniste. Il enchaîne alors les tournages, jonglant entre le petit et le grand écran.
En 2010, la carrière de
Aaron Johnson prend un tout autre tournant alors qu'il n'a que 20 ans, puisqu'il tient le rôle principal dans le film déjanté de Matthew Vaughn,
Kick-ass, dans lequel il interprète un adolescent désireux de lutter contre le mal en se fabriquant une identité de super-héros. Dès lors, l'acteur se fait beaucoup moins discret et apparaît dans le rôle d'un psychopathe pour
Chatroom avant d'incarner la jeunesse de John Lennon pour le film
Nowhere Boy.
En 2011,
Aaron Johnson côtoie une Glenn Close méconnaissable dans
Albert Nobbs de Rodrigo Garcia, avant de défier les membres du cartel dans
Savages l'année suivante. Également en 2012, le comédien rejoint l'adaptation de l’œuvre de Léon Tolstoï,
Anna Karenine, par Joe Wrigh.
