Le nom de Charlie Kaufman circulait depuis plusieurs années dans Hollywood, bien avant qu'il ne soit consacré par l'Oscar du meilleur scénario original pour
Dans La Peau De John Malkovich de Spike Jonze.
Virtuose de la mise en abyme et du mélange de genres, Kaufman a obtenu sa deuxième nomination à l'Oscar pour
Adaptation, autre comédie noire de Spike Jonze qui relatait les efforts désespérés d'un scénariste nommé… Charlie Kaufman (Nicolas Cage) pour adapter le livre de Susan Orlean
Le Voleur d'Orchidées et contrer les visées commerciales de son frère jumeau (imaginaire), également incarné par Nicolas Cage.
Outre ces films, Charlie Kaufman a signé le script de la fable anthropologique de Michel Gondry
Human Nature, interprétée par Tim Robbins, Patricia Arquette et Rhys Ifans, et du premier long métrage réalisé par George Clooney
Confessions D'Un Homme Dangereux d'après l'autobiographie du producteur/animateur de télévision/agent secret et hypothétique tueur de la CIA Chuck Barris.
En 2004, Kaufman s'associe de nouveau à Michel Gondry en écrivant et en produisant
Eternal Sunshine Of The Spotless Mind avec Kate Winslet et Jim Carrey, tour de force qui lui vaut de remporter l'année suivante l'Oscar du meilleur scénario.
Il signe, en 2008, son premier long-métrage en qualité de réalisateur,
Synecdoche, New York, avec Philip Seymour Hoffman.