Christian Merlhiot est né en 1963 à Niort. Il a suivi des études à l’École nationale des beaux-arts de Bourges de 1981 à 1987. En 1988, il obtient une bourse " Lavoisier " du Ministère des affaires étrangères pour un séjour aux Etats-Unis où il réalise " Plus près du Soleil ". En 1991, il bénéficie du programme " Villa Medicis hors-les-murs ", et tourne " Sauvez nos âmes " à l’occasion d’un voyage au Portugal. Entre 1994 et 1995, il est pensionnaire à la Villa Medicis à Rome pour l’écriture d’un scénario. Il l’adapte pendant son séjour et réalise
Les Semeurs De Peste.
Christian Merlhiot a enseigné le cinéma et la vidéo dans plusieurs écoles d’art notamment à Angoulême, Nancy et Bourges. Il est actuellement responsable pédagogique au Pavillon, Laboratoire de création du Palais de Tokyo à Paris et professeur à l’École Camondo.
Christian Merlhiot est le fondateur de pointligneplan qu’il anime depuis plusieurs années avec Vincent Dieutre et Pascale Cassagnau. Il est aussi rédacteur à la " Lettre du cinéma ".
Érik Bullot a consacré à ses films un texte intitulé " Notes sur les films de Christian Merlhiot ", publié dans l’ouvrage " pointligneplan, cinéma et art contemporain " aux éditions Léo Scheer.
Chez le même éditeur, un livre consacré à l’ensemble de ses films, accompagné d’un texte de Fabien Danesi et d’une éditions dvd de 3 courts métrages, sort le 5 décembre 2003.
En 2006, il renoue avec le Japon puisque sort
Silenzio, une histoire d’amour initiatique entre une adolescente française et un jeune japonais.