Tout en étant étudiant à l'Ecole Nationale du Cinéma Danois, Christoffer Boe tourne trois courts métrages -
Obsession,
Virginity et
Anxiety - qui retiennent très vite l'attention. Son film de fin d'études notamment,
Anxiety, lauréat du Prix Découverte de la Critique Française au Festival International des Ecoles de Cinéma de Poitiers, a été présenté à la Semaine de la Critique à Cannes en 2002.
C'est également pendant ses études que Christoffer Boe fonde sa propre maison de production Hr. Boe & Co avec ses amis de longue date la productrice Tine Grew Pfeiffer, le directeur de la photo Manuel Alberto Claro et l'ingénieur du son Morten Green. En 2003,
Reconstruction est à la fois le premier long métrage de Christoffer Boe et de Hr. Boe & Co.
Trois ans plus tard, on retrouve Christoffer Boe dans deux long-métrages :
Allegro et
Paris, Je T'Aime (en collaboration avec plusieurs réalisateurs).