Née à Dublin, elle y passe sa jeunesse et se forme au prestigieux Abbey Theatre avant de s’établir aux Etats-Unis en 1968. Elle a tenu ses premiers rôles dans
Ulysse de Joseph Strick et
Davey des grands chemins de John Huston et reste célèbre pour
James Joyce’s Women, dans laquelle elle campait six femmes différentes qui ont eu une profonde influence sur la vie de James Joyce. Outre une interprétation couronnée en particulier par le Los Angeles Critics Award, le San Francisco Critics’ Award et le DramaLogue Award, elle a écrit, adapté et produit la pièce au théâtre puis le long métrage qui en a été tiré, signé Michael Pearce.
Même si sa carrière d'actrice est majoritairement axée sur le petit écran (
Nip Tuck,
Columbo, etc.), Fionnula Flanagan a su s'illustrer dans de nombreux longs-métrages. Parmi ses films figurent aussi
Some Mother'S Son de Terry George,
Youngblood de Peter Markle,
A State Of Emergency de Richard C. Bennett,
In The Region Of Ice de Peter Werner,
La Vengeance De L'Au Delà de Martin Donovan,
Mad At The Moon et
Money For Nothing. Cette actrice irlandaise a également été très applaudie pour son interprétation de Mrs Mills dans
Les Autres d’Alejandró Amenabar. Fionnula Flanagan a joué dans
With Or Without You de Michael Winterbottom,
Vieilles Canailles de Kirk Jones et
Commedia de Claudia Florio ou encore dans
Les Divins Secrets de Callie Khouri.
Elle a été nommée à l’Emmy de la meilleure actrice pour
How the West Was Won et l’a remporté pour
Rich Man, Poor Man.
En 2005, elle joue le rôle d’une grand-mère dans
Sexual Life et elle tourne également dans le film
Slipstream de David Van Eyssen. L'année suivante, elle est à l'affiche de
Transamerica de Duncan Tucker, aux côtés de Felicity Huffman. En 2009, elle est à l’affiche de
Yes Man aux côtés de Jim Carrey.