C'est en tant qu'assistant réalisateur que
Frederic Schoendorffer débute sa carrière au cinéma avec notamment le film
A Nous Les Garçons en 1985 puis il assiste son père sur
Dien Bien Phu.
Après avoir réalisé quelques court-métrage,
Frederic Schoendorffer collabore à plusieurs téléfilms avant de passer à la réalisation avec
Scènes De Crimes en 1999 qui sera nommé aux César dans la catégorie "Meilleure première oeuvre".
Adepte du genre policier,
Frederic Schoendorffer a réalisé depuis
Agents Secrets avec le couple Belucci/Cassel,
Truands avec Benoît Magimal, des épisodes de la série
Braquo,...
En 2011, le metteur en scène dirige l'ex joueur de football Eric Cantona pour le thriller
Switch.