Hans-Jochen Wagner naît en 1968. Il est diplômé de la Hochschule für Schauspielkunst Ernst Busch Berlin (Institut supérieur d’arts dramatiques de Berlin). En 1997, il rejoint le Burgtheater de Vienne. Sa carrière au cinéma débute également en Autriche. En 1999, il s’installe à Berlin pour intégrer le Deutsche Theater. Il est également engagé par le théâtre Freiburg de Breisgau et le Maxim Gorki Theater de Berlin.
De 2006 à 2008, il fait partie de la troupe du théâtre Düsseldorfer Schauspielhauses. Il décroche son premier grand rôle en 2003 dans le film Ils ont eu Knut de Stefan Krohmers. En 2004, il joue dans la comédie dramatique Jena Paradies de Marco Mittelstaedt, et dans Plus rien ne sera comme avant (2006) d’Ulrich Köhler. Il apparaît également dans plusieurs épisodes de la série criminelle Tatort et dans le téléfilm Das Beste aus meinem Leben.