Hayden Christensen est né à Vancouver, puis sa famille s'est installée dans la région de Toronto, où il a été scolarisé et vit toujours actuellement.
Il est devenu acteur de façon insolite. Sa sœur aînée, championne du monde junior de trampoline avait rendez-vous avec un dénicheur de talents et « comme il n'y avait personne pour me garder, j'y suis allé avec elle ». L'agent a proposé de signer pour Hayden et sa sœur et c'est ainsi qu'il a commencé sa carrière d'acteur à l’âge de 7 ans.
A 12 ans, il avait un rôle récurrent dans
Family Passions, premier soap-opéra de la télévision canadienne.
En 1999, il décroche un petit rôle dans
Virgin Suicides, le premier film de Sofia Coppola. Il tourne ensuite dans
La Maison Sur L'Ocean avec Kevin Kline et Kristin Scott Thomas.
Hayden Christensen est engagé pour jouer dans la série télévisée
les Coeurs Rebelles avec Joe Landon, il campe un adolescent mal dans sa peau qui est envoyé dans une sorte de camp pour enfants en difficultés.
En 2000, l'acteur canadien annonce à la presse qu'il est choisit par George Lucas pour interpréter Anakin Skywalker dans
Star Wars Episode 2 – L'Attaque Des Clones et
Star Wars épisode 3 - La Revanche Des Sith.
Le choix de Lucas est dicté par la capacité d'Hayden Christensen à osciller entre le clair et l'obscur et qu'il avait un bon feeling avec Natalie Portman.
Entre temps, Hayden Christensen s'essaie à la production pour le drame
Le Mystificateur (2004) de Billy Ray, dans lequel il tien également le rôle principal.
Après l'aventure Star Wars, le jeune acteur tourne sous la direction de David Leland, aux côtés de Mashi Barton et Tim Roth dans
Medieval Pie, sur nos écrans en décembre 2007. Puis il est dirigé par George Hickenlooper dans la comédie dramatique
Factory Girl, avec notamment Sienna Miller, Guy Pearce et Justin Fallon. Ce flm est présenté en compétition au Festival de Deauville 2007.