Pendant ses études aux Arts Décoratifs de Nice,
Jan Kounen tourne ses premiers cours métrages. Il devient ensuite assistant opérateur et réalisateur pour des clips vidéos et des documentaires. En 1989, il réalise
Gisèle Kérosène, récompensé par le Grand Prix du court métrage d'Avoriaz. L'année suivante il tourne
L'âge De Plastic avec le groupe Elmer Food Beat. Le réalisateur signe ensuite ses premiers clips, puis de nombreux spots publicitaires, tout en poursuivant des projets d'écriture. En 1991, il rédige le scénario du court métrage
Vibroboy, accompagné de Carlo de Boutiny, récompsé par le Prix de la Recherche au Festival de Clermont Ferrand. Suivent
Né Pour Mourir,
Le Dernier Chaperon Rouge.
Jan Kounen réalise
Doberman, son premier long-métrage en 1995 dans lequel Vincent Cassel campe le personnage principal. Il part ensuite au Mexique et au Pérou pour son projet d'adaptation de la bande dessinée
Blueberry. Passioné par la culture chamane, il tourne un documentaire baptisé
D'Autres Mondes, qui sort en 2004. Il créé alors une association, Spirit of the anaconda, puis programme une série de documentaires de 52 minutes baptisée "Another Reality". Le documentaire
Darshan est en salles au mois de novembre 2005. Son second long-métrage,
Blueberry avec Vincent Cassel, sort sur les écrans français le 11 février 2004.
En 2007,
Jan Kounen adapte le roman à succès
99 F de Frédéric Beigbeder. Jean Dujardin interprète le publicitaire Octave Parango. En 2008 il est l'un des huit réalisateurs participant à
8, un recueil de huit documentaires sur huit thématiques différentes traitant des challenges de la planète. L'année suivante il signe le biopic
Coco Chanel Et Igor Stravinsky avec Anna Mouglalis dans le rôle de la couturière.