John McNaughton a grandi dans la banlieue de Chicago. Il étudie les beaux arts à l’université d’Urbana dans l’Illinois, sort diplômé en production télévisuelle du Columbia College de Chicago et obtient un diplôme d’études secondaires en photographie. Avant de devenir réalisateur, John exerce de nombreux emplois comme interne au département artistique à l’Encyclopédia Britannica, timekeeper au Chicago Bride and Iron, contrôleur de chemins de fer à la Republic Steel, imprimeur à la Pullman Bank, ouvrier à l’International Harvester Company, spécialiste audio-visuel au Campbell Mithun Advertising et ainsi de suite jusqu’à fabricant de bijoux, constructeur de voiliers, barman, charpentier et opérateur lumières d’un show laser.
Avec le temps, John McNaughton fait son chemin dans l’univers de la publicité et des films vidéo d’entreprise. Par la suite, il rencontre Waleed et Malick Ali, propriétaires d’une toute jeune entreprise de distribution vidéo (MPI) qui finance son premier long métrage. Ce film est
Henry : Portrait D’un Serial Killer que John réalise, co-écrit et co-produit. A sa sortie, Elliot Stein du Village Voice le nomme meilleur film de l’année et il fait partie de la liste des 10 meilleurs films du Time Magazine et de Roger Ebert. Le film est récompensé lors de festivals en Espagne et en Belgique. A cette époque, Mr McNaughton est embauché par la Gersh Agency qui porte son film à l’attention de Martin Scorsese. Par la suite, Mr Scorsese l’engage pour réaliser
Mad Dog And Glory pour le compte des Studios Universal. Avec ce film basé sur un scénario de Richard Price, il met en scène Robert DeNiro, Bill Murray et Uma Thurman.
Depuis cette époque, Mr McNaughton continue à réaliser des longs métrages, mais aussi des pilotes pour la télévision, des épisodes de séries télévisées ainsi qu’un documentaire. Il réalise d’autres longs métrages comme
Sex Crimes pour Sony Pictures et Mandalay Entertainment avec Matt Dillon, Kevin Bacon, Bill Murray, Neve Campbell et Denise Richards, ou encore
Lansky pour la chaîne de télévision HBO Films dont le scénario a été écrit par David Mamet avec dans les rôles principaux Richard Dreyfus et Anthony LaPaglia. Parallèlement John a réalisé 5 épisodes de la série
Tv Homicide : Life On The Streets pour la chaîne américaine NBC, ainsi que le pilote de la série
Push Nevada, écrit par Ben Affleck et Sean Bailey, pour la chaine ABC et enfin le documentaire
Condo Painting pour October Films, avec Allen Ginsberg et William S.Burroughs.