Jon Heder est diplômé en animation 3D de la Brigham Young University. Il s’est investi dans plusieurs productions universitaires et a tenu le rôle principal du court métrage primé
Peluca, écrit et réalisé par Jared Hess.
Il est connu pour avoir tenu le rôle-titre du succès indépendant de 2004
Napoleon Dynamite, également réalisé par Jared Hess. Présenté au Festival de Sundance 2004, le film a été sélectionné au Grand Prix du Jury. Il a été élu meilleur film à l’U.S. Comedy Arts Festival 2004, où Jon Heder a remporté plusieurs prix. Heder a également obtenu le MTV Movie Award 2005 de la meilleure prestation musicale avec
Election Dance, et le Prix de la meilleure révélation masculine. Le film a reçu quant à lui le MTV Movie Award du meilleur film.
On le retrouve en 2005 dans
Et Si C'était Vrai de Mark Waters, avec Reese Witherspoon et Mark Ruffalo, puis en 2006 dans
La Revanche Des Losers de Dennis Dugan, avec Rob Schneider et David Spade et dans
Monster House où il prête sa voix à Skull.
En 2007 il joue dans
L’école Des Dragueurs de Todd Phillips, avec Billy Bob Thornton, dans
Les Rois Du Patin de Josh Gordon et Will Speck, avec Will Ferrell, et prête sa voix à Chicken Joe dans
Les Rois De La Glisse. On le retrouve également dans
Moving Mac Allister d’Andrew Black avec Ben Gourley. En 2008 il joue dans
Mama’s Boy de Tim Hamilton, avec Diane Keaton.
