Jonathan Caouette réalise ses premiers films à l’âge de huit ans. Acteur de théâtre dans des pièces régionales, il incarne un St Jean-Baptiste schizophrénique dans la pièce Salomé avant d’apparaître en Judas homosexuel dans Jésus Christ Superstar. Il a également fait partie de la troupe européenne du Rocky Horror Show et est apparu dans plusieurs publicités. Ses principales influences sont : Alejandro Jodorowsky, John Cassavetes, Lars Von Trier, Paul Morrissey, David Lynch, Marianne Faithful, Led Zeppelin, Mavis Staples ainsi que Sidney Lumet. Le budget total de
Tarnation, son premier long métrage est de 218,32 $.
En 2011, il réalise son sixième documentaire,
Walk Away Renée, qui est présenté en Séance Spéciale lors de la
50eme Semaine De La Critique De Cannes 2011.