Malcolm D. Lee a commencé à faire des films à l'âge de 12 ans. Il a entamé sa carrière professionnelle à 17 ans à différents postes allant d'assistant de production à apprenti monteur, associé au casting, ou même assistant réalisateur. Après avoir décroché sa licence d'anglais et de beaux-arts à Georgetown University en 1992, il a obtenu une bourse qui lui a permis de passer un an en formation d'écriture scénaristique aux Disney Studios. Il y a écrit deux scénarios, dont
Morningside Prep, le récit semi-autobiographique de ses expériences dans des écoles à prédominance blanche.
Après ses premières expériences à Hollywood, il est entré à la Tisch School of the Arts de la New York University, où il a perfectionné ses talents de scénariste et de réalisateur. Il y a réalisé un court métrage à partir de son scénario,
Morningside Prep, qui a obtenu plusieurs prix, dont deux du Black Filmmaker's Hall of Fame, et a été diffusé à la télévision sur Showtime Networks en 1997.
Malcolm D. Lee a vraiment fait ses débuts de réalisateur avec
The Best Man,
Le Mariage De L'Annee, dont il était aussi le scénariste. Le film, dans lequel il dirigeait Taye Diggs, Nia Long, Morris Chestnut et Sanaa Lathan, a rencontré un accueil enthousiaste de la part de la critique comme du public et s'est classé à la première place du box-office en octobre 1999.
Malcolm D. Lee a ensuite connu un nouveau succès avec la comédie d'action
Undercover Brother, en 2002 avec Eddie Griffin, Denise Richards et Chris Kattan.
En 2005, il mène à bien un nouveau projet.
La Fièvre Du Roller - Roller Fever, une comédie comme sur des roulettes, où il décide d'inviter la grande famille des shows télévisés avec les apparitions de Lil' Bow Wow, Brandon T. Jackson et autre Chi McBride.
Malcom Lee finit par se perdre un peu dans ce film sans grand intérêt, animé par des guest-stars par forcement des plus loquaces. Revenu en 2008, sur le genre qu'il affectionne, il met en scène Martin Lawrence sur le film
Le Retour De Roscoe Jenkins.Un genre déluré qu'il continue de nous resservir plus tard sur
Soul Men écrit par la paire de scénaristes, Robert Ramsey et Matthew Stone.