Matthew Macfadyen commence sa carrière avec les films
Maybe Baby de Ben Elton et
Enigma aux côtés de Kate Winslet et Dougray Scott.
En 2002, il joue dans la série
Mi-5 de David Wolstencroft. On le voit ensuite dans
The Reckoning,
Orgueil & Préjugés et
In My Father'S Den.
Quelques années plus tard, il tourne dans
Middletown de Brian Kirk. Dans
Joyeuses Funérailles il incarne le personnage de Daniel aux côtés de Rupert Graves et Keeley Hawes.
En 2008, il est à l’affiche du film
Frost/nixon, L'Heure De Vérité de Ron Howard. Il tient également l’un des rôles principaux du thriller
Incendiary.
On le retrouve en 2010 dans la réalisation de Ridley Scott,
Robin Des Bois aux côtés de Russell Crowe puis le comédien se fait remarquer à travers la série médiévale
Les Piliers De La Terre. L'année suivante,
Matthew Macfadyen participe à l'adaptation du roman d'Alexandre Dumas se Paul Anderson
Les Trois Mousquetaires.