Après avoir été refusé par de nombreux éditeurs, le premier roman de Houellebecq,
Extension Du Domaine De La Lutte, fait de lui le précurseur d’une génération d’écrivains décrivant la misère affective de l’homme contemporain. Sans promotion ni publicité, le roman rencontrera principalement son public par le bouche à oreille. Il est adapté au cinéma en France par Philippe Harel en 1999 et à la télévision danoise par Jens Albinus en 2002.
Les Particules élémentaires, son roman suivant, provoque un tapage médiatique, dû en partie à l’« exclusion » de son auteur de la Revue Perpendiculaire à laquelle il appartenait, pour incompatibilité d'idées. Ce divorce à l'amiable est largement exploité par l'éditeur Flammarion qui censure la Revue en question (qui n'a jamais reparu depuis) pour mieux permettre à son nouvel auteur phare de répliquer dans la presse et de bénéficier d'une bonne publicité.
Les Particules élémentaires obtient le Prix Novembre, décerné par un jury dans lequel est présent Philippe Sollers, cité dans le roman. Celui-ci viendra également témoigner en faveur de Houellebecq dans le procès de ce dernier à l’occasion de ses déclarations sur l'islam. Houellebecq a partagé avec son traducteur Frank Wynne le prix IMPAC 2002 pour Atomised, la traduction de Les Particules élémentaires. L'ambiguïté marque souvent le signe de l'auteur : décrit-il les idées de ses (anti-)héros, ou les siennes à travers eux ?
En 2004, Houellebecq a fait l'objet d'un « transfert » de son ancien éditeur, Flammarion, vers les éditions Fayard du puissant groupe Lagardère, avec des apports financiers inhabituels dans l'édition française et l'assurance de voir son roman porté sur le grand écran. Lors de la rentrée littéraire 2005, il occupe, avec son roman La Possibilité d'une île, une grande partie des pages culture des médias, éclipsant les 600 autres livres de la « rentrée littéraire ». Toutefois, les ventes du livre furent moindres que prévu (300 000 exemplaires vendus contre 400 000 espérés).
En 2008, Michel Houellebecq sort sa propre adaptation de
La Possibilité D’une île, avec Benoît Magimel dans le rôle-titre.
