En 1989, après avoir travaillé sur diverses pièces et films en vidéo, Per Fly intègre la Danish Film School au département réalisation. En 2000, il réalise le dessin animé
Prop & Berta, ainsi que le long-métrage
The Bench qui a remporté le prix Bodil des critiques danois, dans la catégorie
Meilleur film, Meilleur acteur principal et
Meilleur acteur dans un second rôle.
Parallèlement à son travail au cinéma et à la télévision, Per Fly a réalisé depuis 1993 des films publicitaires et des clips vidéos musicaux. Il a également travaillé sur de nombreux projets en tant qu'assistant réalisateur.
