Adolescent, Stephen Gaghan accomplissait déjà des exploits : se faire exclure du lycée le dernier jour de ses études pour avoir traversé le bâtiment administratif en go-cart. S'ensuivent alors une vie aventureuse, à travers l'Europe, l'Inde, l'Asie du sud-est, le Népal, l'Australie et la Nouvelle-Zélande, et une cascade de petits boulots : graphiste, assistant d'un photographe du National Geographic, collecteur de fonds pour un parti politique, etc. Durant cette période, Gaghan collaborera aussi avec la prestigieuse Paris Review et publiera des nouvelles dans divers périodiques, dont l'Iowa Review.
Après s'être établi à Los Angeles, Gaghan vend à Joel Silver et Warner Bros. un scénario écrit à l'essai, puis écrit en freelance un épisode de "New York Undercorver". Il décroche également un contrat sur la série à succès "American Gothic", dont il écrit sept des 21 épisodes.
Peu de temps après, il collabore avec le scénariste Michael Tolkin (
The Player) à un projet de comédie satirique sur Bill Gates et Microsoft :
$ 20 Billion, que le mensuel Premiere inscrira sur sa fameuse liste des "Dix meilleurs scripts inédits". Courant 1997, il écrira aussi plusieurs épisodes de la célèbre série de David Kelley "The Practice". Gaghan entame véritablement sa carrière de scénariste au cinéma, la même année, avec le drame
Havoc, produit par New Line Cinema, et remporte la même année l'Emmy du meilleur scénario pour l'épisode "Where's Swaldo?" de "NYPD Blue".
Durant ses recherches sur
Traffic, il signe le drame de William Friedkin
L'Enfer Du Devoir, produit par Richard Zanuck et Scott Rudin, et interprété par Tommy Lee Jones et Samuel L. Jackson. En 2002, il écrit et réalise le thriller psychologique
Abandon, interprété par Katie Holmes.
Stephen Gaghan a remporté l'Oscar, le British Academy Award, le Writers Guild Award et le Golden Globe du meilleur scénario pour
Traffic de Steven Soderbergh, son projet le plus ambitieux avant
Syriana. En 2005, il signe le scénario de
The Alamo, un film historique de John Lee Hancock.
