Après avoir enchaîné des petits boulots, Yves Afonso part pour Paris à l’âge de vingt ans pour devenir acteurs.
Sa gueule atypique, nez de boxeur, mâchoire large, lui donne un faux air de Jean-Paul Belmondo. Ironiquement, c’est Jean-Luc Godard qui va lui donner son premier rôle au cinéma, dans
Made In Usa, et ensuite dans
Week-end. Afonso va ensuite traverser le cinéma français, en enchaînant les seconds rôles pour les plus grands réalisateurs, tels que Claude Berry, Yves Boisset, Claude Lelouche, ou Jean Becker. Laszlo Szabo, qui lui avait déjà permis de débuter au Théâtre de Poche, va lui donner un de ses rôles les plus émouvants, dans
Les Gants Blanc Du Diable, où il interprète un tueur. Il joue également dans le remake de
L'île Au Trésor de Raoul Ruiz.
Dans les années 1990, il tourne pour Fabien Onteniente, Philippe Lioret, ainsi que pour Philippe Garrel dans
Le Coeur Fantôme.
On le retrouve en 2005 dans
Code 68, ainsi qu’en 2008 dans
Le Crime Est Notre Affaire, film tiré d’un roman d’Agatha Christie et réalisé par Pascal Thomas.