Peintre et illustrateur, Zdenek Miler est né le 21 février 1921 à Kladno (Bohême centrale). Il fait ses études à l'école des arts graphiques pour ensuite intégrer l'Ecole supérieure des arts de Prague.
En 1942, il devient animateur pour les ateliers d'animation de Zlin. Il intègre ensuite les studios Bratri v triku dirigés par Jiri Trnka (inventeur de la cinémarionette). Sa carrière d'animateur, scénariste, plasticien et metteur en scène est alors lancée. Son premier film s'appelle
Le Millionnaire Qui A Volé Le Soleil. Le moment décisif de sa carrière est la réalisation en 1957 du premier film mettant en scène
La Petite Taupe sur lequel il a travaillé plus de deux ans. Au cours de sa carrière il a réalisé plus d'une vingtaine de courts-métrages d'animation restés le plus souvent anonymes, quelques uns sont toutefois sortis au Japon.
Le succès international de ce personnage conduit Zdenek Miler à l'adapter également dans des livres pour enfants. Dans les années 70, il réalise en parallèle une nouvelle série dont un criquet est le héros. En 2008, il réalise
Les Nouvelles Aventures De La Petite Taupe.