Emily Watson a connu le succès dès sa première apparition à l'écran dans
Breaking The Waves de Lars Von Trier, qui lui valut d'être sélectionnée à l'Oscar, au Golden Globe et au British Academy Award, et de remporter les prix d'interprétation de la National Society of Film Critics, de la New York Film Critics Association, de la Los Angeles Film Critics Association et de l'Académie du Cinéma Européen.
Depuis ce tour de force, Emily Watson a obtenu deux autres nominations à l'Oscar et au Golden Globe de la meilleure actrice, accompagnées de citations au Screen Actors Guild Award et au British Academy Award pour son interprétation de la violoncelliste Jacqueline Du Pré dans
Hilary And Jackie d'Anand Tucker, et une troisième citation au British Academy Award pour
Les Cendres D'Angela d'Alan Parker.
Reconnue comme l'une des plus brillantes actrices dramatiques de sa génération, elle a partagé avec Daniel Day-Lewis la vedette de
The Boxer de Jim Sheridan et compte aussi à son actif des films comme
Broadway 39e Rue de Tim Robbins,
La Defense Loujine de Marleen Gorris, d'après Nabokov (qui lui a valu une citation au British Independent Film Award)
Gosford Park de Robert Altman,
Trixie d'Alan Rudolph et
Punch Drunk Love Ivre D'Amour de Paul Thomas Anderson. En 2004, elle collabore avec Stephen Hopkins dans
Moi, Peter Sellers et avec Tim Burton pour
Les Noces Funèbres, l'année suivante.
Elle a tenu à la télévision le rôle vedette de Magie Tulliver dans une adaptation de "The Mill on the Floss" de George Eliot réalisée sous la bannière des "Masterpiece Theatre Productions" de la BBC.
Vétéran de la Royal Shakespeare Company, Emily Watson a notamment interprété "Les Trois sœurs", "The Children's 'Hour", "The Lady From The Sea", "La Mégère apprivoisée", "Tout est bien qui finit bien", etc. Elle a également joué dans"Oncle Vania" et "La Nuit des Rois" au Dormar Theatre sous la direction de Sam Mendes, deux spectacles qui ont été repris à New York en janvier 2003.
En 2006, Emily Watson interprète Anne Manning dans la comédie dramatique
Separate Lies signée Julian Fellowes. L'année suivante, elle joue dans
Miss Potter.
En2008, on la retrouve dans une adaptation américaine de la légende du monstre du Loch Ness,
Le Dragon Des Mers. La même année, elle donne la réplique à Johnny Depp, dans
Shantaram de la réalisatrice indienne Mira Nair.